Đầu tiên là tên của các nhân vật hầu hết đều có sự ăn khớp giữa phim và truyện, tuy nhiên vẫn có những sự thay đổi nhỏ. Con gái Núi trong truyện tên Uyển, còn lên phim được sửa thành Yến, đây là một cái tên phổ cập và dễ đọc hơn. Trong truyện, ông Đại hiếm khi được gọi bằng tên thật do đó người đọc khó có thể biết được tên của ông, nhưng trong một phân đoạn nhỏ khi viết về thân nhân của bé Uyển, thì chúng ta biết rằng ông tên thật là Phạm Quang Tính. Nhân vật Mây trong truyện cũng được gọi là Mai, nhưng khi lên phim đã được đạo diễn Lê Đức Tiến sửa thành Mây. Mây và Núi đúng là có sự lương duyên trong cách gọi, thế nhưng trong cả phim và truyện thì mối tình của cả hai là sự tạm bợ, trái ngang đầy bi kịch. Phải chăng Núi không gặp Mây, hoặc Núi gặp lại Hồng sớm hơn, trước khi đến với Mây, rất có thể cuộc đời anh đã khác.
Trong truyện và phim, ông Đại (ông Tính) có rất nhiều người con và hầu hết đều được điểm qua, thậm chí còn nhiều người được xuất hiện. Nhưng lên phim chỉ có anh An, anh Nam, anh Ý và anh em nhà Núi. Đặc biệt trong truyện, anh em nhà Núi có tận 4 người, sau Biển còn có Cả là con trai út. Nhưng lên phim thì đạo diễn đã lược bỏ nhân vật này đi vì không cần thiết, vai trò của nhân vật này cũng được dồn sang cho nhân vật Sông, đây là thay đổi rất hợp lý. Cả và Sông trong truyện cũng không phải dạng vừa, sau này cũng đầu trộm đuôi cướp, chỉ có khác ông anh của mình là không bị vào tù ra tội. Kết cục trong truyện, Sông vượt biên đi Hồng Kông không rõ tung tích, còn Cả thì đi làm vườn ở Mộc Châu. Còn trong truyện, số phận nhân vật Sông cũng hẩm hiu không kém, dù không phải là kẻ trộm cắp nhưng Sông phải lênh đênh thuyền bè nay đây mai đó, nuôi chí làm giàu nhưng không thành công.
Sự kiện cô Hạnh Vân cho mẹ Núi (bà Hiển) 1 chỉ vàng không có trong truyện gốc, nhưng cô cũng được miêu tả là người hiền lành, nhân hậu, cô thường xuyên đồng cảm với mẹ của Núi. Cô chỉ thua mẹ Núi khoảng 2 3 tuổi, nhưng lên phim thì chúng ta thấy khoảng cách tuổi tác cách khá xa (Do nữ diễn viên đảm nhiệm vai mẹ Núi lớn tuổi hơn so với truyện, trong bản gốc, cô sinh con cho ông Đại khi vừa mới 18 tuổi).
Bà Mùi lên phim ít đất diễn hơn so với bản truyện. Trong truyện bà đóng nhiều vai trò như cưu mang Núi, khuyên bảo, dạy dỗ Núi suốt nhiều năm liền lúc Núi còn là học sinh cho đến khi vào tù ra tội, ở chung với Mây, Hồng, hay đến khi bé Uyển lớn. Bà cũng chịu sự xỉ vả nặng nề của bác sĩ khi để cháu gái bị sốt nặng mới đưa đến bệnh viện (nguyên nhân do Núi nhưng bà nhận hết lỗi về mình để cháu bé được cứu chữa). Khi bà Mùi mất là lúc Núi đang ở trong tù, cậu vô cùng đau xót vì từ lâu cậu xem bà Mùi như người mẹ thứ hai của mình. Cậu gửi một vòng hoa kiếng viếng đến đám tang của bà qua đường bưu điện. Những chi tiết này trong phim đều lược bỏ.
Nhân vật cảnh sát Tuấn là một nhân vật thú vị do đạo diễn Lê Đức Tiến thêm vào, trong truyện không có nhân vật này. Hay đúng hơn vai trò của nhân vật này trong truyện được chia ra cho nhiều người, hầu hết là cảnh sát, viện trưởng. Việc ghép chung lại thành một nhân vật đồng bộ, xuyên suốt cả bộ phim là một sự sáng tạo hợp lý, giúp tuyến truyện đơn giản và liên kết hơn. Tuy nhiên một vài khán giả khó tính sẽ nhận ra sự vô lý khi nhân vật này có nhiệm vụ làm cảnh sát ở quá nhiều địa điểm mà Núi lui tới.
Anh Ý trong truyện cũng ít vai trò hơn so với khi lên phim. Ngày bé không có vụ xích mích anh Ý đánh nhau với các em. Sau này khi trưởng thành, anh Ý cũng không có chuyện xin cho Núi ra tù sớm, kết cục anh Ý lại càng đau khổ hơn, sống lưu vong trốn nợ biệt tăm biệt tích, không đoàn tụ với Núi và ra đầu thú như trên phim. Tuy nhiên sự sửa đổi của Lê Đức Tiến lại một lần nữa cho thấy tài năng của ông. Những việc sửa đổi này cho thấy việc anh em từ bất hòa trở nên hàn gắn, dẹp bỏ chuyện quá khứ để cùng nhau làm lại từ đầu. Không chỉ cho thấy sự thay đổi tư tưởng tích cực trong lớp trẻ, mà còn là luật nhân quả do người cha để lại cho người con mà ông hết mực yêu thương, cuối cùng người phạm tội vẫn phải chịu sự trừng phạt của pháp luật.
Ngoài ra còn một số tình tiết thay đổi, thêm thắt của đạo diễn Lê Đức Tiền cùng ê-kip kịch bản có thể kể sơ qua như: Núi học đúp lớp 9 rồi nói dối đang học cấp ba chứ không phải đang học cấp 3 rồi bỏ học. Núi không bị đàn em đòi tiền như trên phim, bé Uyển có thời gian về sống với bà ngoại và bị bạo hành tinh thần, không có vụ anh Đông đánh núi vì làm hỏng gỗ, cũng không có vụ Núi đuổi việc hai người trộm cắp vặt trong xưởng gỗ. Núi ra tù được 20 ngày thì ông Đại mất thay vì ông Đại mất khi Núi đang thụ án. Núi cũng không có tài làm thơ phú, báo tường, mặc dù ngày bé Núi học giỏi nhưng lên cấp 2 Núi chỉ học bình thường chứ không phải quá xuất sắc. Nhân vật nhà thơ Hoàng Mai trong truyện là một người tâm thần trốn trại và có cuộc đời éo le, khổ sở.
Tóm lại những sự thay đổi của đạo diễn Lê Đức Tiến là hoàn toàn hợp lý khi chuyển thể một bộ tiểu thuyết thành phim truyền hình. Các tình tiết trở nên hợp tình hợp lý và có màu sắc tươi sáng hơn so với bản thể truyện. Xã hội ở trong phim cũng có nhiều người tốt hơn. Trong truyện thì vẫn còn một vài nhân vật xấu xí đảm nhiệm vai trò trong bệnh viện, cảnh sát, pháp luật nhưng khi lên phim thì họ hầu hết được lược bỏ hết. Chính tài năng của đạo diễn Lê Đức Tiến đã góp phần đưa tác phẩm "Sóng ở đáy sông" trở nên thành công vang dội và gây dấu ấn lớn trong lòng người xem. Cũng không thể kể đến công lao của nhà văn Lê Lựu đã viết nên một câu chuyện đầy cảm xúc và thấm đẫm tình người, giàu tính xã hội đến như vậy.